首都醫科大學現有附屬醫院20家，分別是首都醫科大學宣武醫院第一臨床醫學院首都醫科大學附屬北京友誼醫院第二臨床醫學院首都醫科大學附屬北京朝陽醫院第三臨床醫學院首都醫科大學附屬北京同仁醫院第四臨床醫學院。

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首都醫科大學附屬北京友誼醫院位于北京市西城區永安路95號，始建于1952年，占地面積94萬余平方米，是北京市醫保定點醫院醫院設有消化內科呼吸內科心臟中心神經內科腎病內科內分泌科血液內科感染內科重癥醫學。